Bursa Sağlık Müdürlüğü bünyesinde hizmet veren şubeler aşağıdadır:

• Acil Sağlık Hizmetleri Şubesi
• Ağız ve Diş Sağlığı Şubesi
• Aile ve Toplum Sağlığı Şubesi
• Ana - Çocuk Sağlığı ve Aile Planlaması Şubesi
• Başbakanlık İletişim Merkezi (BİMER)
• Bilgi Edinme Birimi
• Bilgi İşlem ve Sağlık İstatistikleri Şubesi
• Bulaşıcı Hastalıklar Şubesi
• Disiplin ve Hukuk Bürosu
• Eğitim Şubesi
• Gıda ve Çevre Kontrol Şubesi
• Hasta Hakları İl Koordinatörlüğü
• İdari ve Mali İşler Şubesi
• İlaç ve Eczacılık Şubesi
• İletişim Merkezi
• Kanser Kayıt Merkezi
• Performans ve Kalite Koordinatörlüğü
• Personel Şubesi
• Ruh Sağlığı ve Sosyal Hastalıklar Şubesi
• Tıp Meslekleri ve Özel Tanı - Tedavi Merkezleri Şubesi
• Yataklı Tedavi Hizmetleri Şubesi